台風１９号による被害は、農業分野にも広く及んでいる。川の氾濫による果樹園や水田といった農地への浸水、暴風雨によるハウスの破損や倒壊、農業用のため池や水路の決壊などで、再開のめどが立っていない地域もある。供給不足で価格上昇にもつながっている。
被害が目立つのがこれから収穫を迎える予定だったリンゴだ。長野県小布施町では、千曲川の氾濫で、河川敷で栽培していたリンゴ畑が浸水。木や果樹が水浸しになり壊滅状態となった。同町産業振興課は「被害額は、１５日時点で８４００万円に上っている」と話す。
このほか、収穫のピークを迎えていたナシやカキが枝折れや落下するなどの影響を受けた。東北地方で収穫期を迎えたコメ、ハウス栽培のイチゴ、キュウリ、トマトなども大きな被害が生じている。
福島県は、県内の農地や農業用施設の被害が２５市町村で計３０億円超（１６日時点）としているが、「農産物の被害額は入れていない。全体で１００億円を超えるのではないか」（県農業企画課）と話す。茨城県は、農作物だけで８億円超（１６日時点）に上ったという。長野県、埼玉県は算定できておらず、「水が引いたあと調査していく」（埼玉県）としている。農林水産省は、被害の全容解明を急ぎたい考えだが、「人命優先。時間がかかる」としている。
台風被害による出荷量の減少は、取引価格の上昇につながっているもようだ。
取引量が多い東京都中央卸売市場大田市場によると、１５日の群馬産キャベツ１箱（１０キロ）の価格は、取引量が多い相対取引、中値の場合で１０８０円と１２日に比べ２５％割高になった。長野県産のリンゴ「シナノスイート」は同５５％高の３３４８円となったという。