４連休となったゴールデンウイーク後半初日の３日、ターミナル駅や空港は行楽地や古里へ向かう人たちで再び混雑し、高速道路は各地で渋滞が発生した。一方、４日にかけて東日本や西日本では、荒れ模様の天候となる恐れがあり、気象庁は、海や山のレジャーに注意を呼び掛けた。
ＪＲ東京駅新幹線ホームは、大きな荷物を手に列車を待つ家族連れなどで長い列ができた。子ども２人を連れ、金沢市の夫の実家に帰省するという静岡県の主婦、真下聡子さん（４１）は「子供たちを、いとこと一緒にテーマパークに遊びに行かせてあげたり、バーベキューをしたりしたい」と語り、新幹線に乗り込んだ。
東京駅を出発した新幹線は自由席の乗車率が１００％を超える列車も目立ち、北陸新幹線の一部では１７０％に達した。
日本道路交通情報センターによると、午前１０時半現在で山陽道下りの尾道ジャンクション（広島）付近を先頭に２６キロ、名神高速下りの岐阜羽島インターチェンジ（岐阜）を先頭に２２キロの渋滞が発生。東名高速では下りの伊勢原バス停（神奈川）付近を先頭に事故の影響もあり３１キロの渋滞となった。