今回の合意は、多くの問題を先送りした。

　並行在来線の無償譲渡によるＪＲ九州の収入減を、どうするかは今後の協議とした。

　何より、開発のメドが立たないＦＧＴの導入が不透明だ。文書は「（開業時の）平成３４年度に先行車を導入する場合には活用する」との表現にとどめており、量産化の時期などは盛り込めなかった。

　ＦＧＴの効果を疑問視する声は根強い。

　博多－長崎間は現行１時間４８分▽リレー方式１時間２６分▽ＦＧＴ１時間２０分だ。リレー方式とほとんど差がない。ＪＲ西日本はＦＧＴの山陽新幹線乗り入れに否定的だ。

　一方、暫定開業に合わせて新たに投入する新幹線は、ＦＧＴの開発が進めば不要となりかねない。