その後、織田期、豊臣期にもそれぞれ別の場所に「二条城」が築かれた。現在残る旧二条城は、南西約１キロの地点に徳川家康が築いたものだ。

　発掘調査では、義昭時代の二条城の推定規模も東西３７０メートル、南北３９０メートルと明らかになった。

　発掘調査を担当した民間団体「古代文化調査会」の家崎孝治代表は「義昭の二条城より家康の二条城の方がやや規模は大きいが、全体的な規格は似ている」と指摘する。平地の城造りは「天下人」に着実に受け継がれたようだ。

　中井教授は「家康は源氏を名乗り、源氏が継いできた征夷大将軍になった人物。源氏の正統継承者、義昭の城の近くに似た城をあえて築くことで、源氏の直系だと朝廷にアピールしたかったのかもしれない」と推し量った。