過熱報道を繰り広げたメディアへの反発も大きい。

　小保方氏は「個人攻撃的な報道がどんどん流された」「真実が書かれた記事が果たしていくつあっただろうか」と強調。特に毎日新聞については、記者個人を名指しして「取材攻勢は殺意すら感じさせるものがあった」「私のことを社会的に抹殺しようとしているように思えた」と主張している。

　ＮＨＫに対しても「個人攻撃的な内容の『ＮＨＫスペシャル』が放送された」「私が凶悪な捏造（ねつぞう）犯であるかのような印象を持たせるように、一方的な情報提供によって過剰演出をされた」と非難した。

　自らの責任を追及された経緯については、「私がＥＳ細胞を混入させたというストーリーに収束するように仕組まれているように感じた」と“陰謀論”まで展開。それに若山氏が加担していることを強くにおわせ、「研究室の中の細胞やマウスを研究室の主宰者である若山先生が知らないはずはない」「（若山氏は）まるで私がマウスや細胞をすり替えたかのような推論を社会に植えつけた」などと結論づけた。