本庶氏は４月に開いた記者会見で、同社からこれまで支払われた約２６億円の対価に関し、納得できない点があるとして受け取っておらず、全額法務局に供託していることを明らかにした。また「若手研究者の育成のためにも、オプジーボの売り上げで得られる（特許料の）対価引き上げを求め、小野薬品と協議したい」と主張。１０００億円規模の拠出を求めていた。
一方、本庶氏は２２日、小野薬品の発表に対し、弁護士を通じコメントを発表した。
そのなかで「小野薬品から京大になされた寄付の提案金額は、同社が従前からしていた特許料率の引き上げ提案に照らすと、明らかに引き下げ」と指摘。「こうした経緯を明らかにしていない今回の同社の発表は意図的かつ不正確で、同社が従前の提案を復活させないのであれば、訴訟提起を検討する」とした。