政府による緊急事態宣言が出た後も、鉄道各社は市民生活や経済活動を維持するため、通常の運行を続けている。車内の密閉、密集空間では新型コロナウイルス感染拡大のリスクがあるとされており、換気や設備の消毒を徹底している。
東京メトロは、換気のため、各車両の少なくとも２カ所で、窓の上部を５～１０センチ程度開けて運行。空調も終日、使用している。
ＪＲ東日本は、在来線車両で定期的に冷房を作動させ、乗客には窓を開けられるとアナウンスし、換気できるよう配慮する。高速走行のため気密性が高い新幹線車両では、普段から搭載している換気装置で常時、排気や外気の取り込みをしている。
ＪＲ西日本は、車内で乗客が手を触れる肘掛けやつり革、主要な駅にあるエスカレーターの手すりの消毒を進める。ＪＲ九州も新幹線では毎日、除菌効果のある薬品で車両内を拭く。観光列車では乗客用の消毒液を用意した。