また、事業費とは別建てだが、北陸新幹線などに導入する在来線と新幹線の双方に乗り入れができる「フリーゲージトレイン」の開発費は、税金を投入している。新幹線より車両が重く、線路の保守費用が膨らむなど実用化への課題も多い。
羽田雄一郎国交相は同日の会見で、「公共事業費に過度に依存せず、『コンクリートから人へ』の理念は変えない」と述べた。国民から理解を得るためには、民間資金の導入や工費縮減などの努力も必要となる。
国交省整備新幹線小委員会座長で、3区間の投資効果や採算性について報告書をまとめた東京大大学院の家田仁教授は「もっと良いプロジェクトにするには検討すべき課題がある」と指摘する。
国交省は今後、新幹線の最高速度の設定を260キロから300キロ以上に引き上げることや、青函トンネル内で貨物列車とすれ違うことに伴う安全性確保のため最高時速140キロとする設定の見直しなど、利便性を向上させる取り組みを続ける方針だ。