地方で普通車の土日・祝日を5割引きから3割引きに引き下げ、平日昼間の3割引きを廃止するとともに、トラックなどを対象とした大口・多頻度割引は、最大3割引きから4割引きに上げることにしていた。
しかし、消費税率引き上げと高速料金の実質値上げが重なることへの懸念とともに、新料金案には「物流業界に手厚く、一般向けは手薄」といった指摘も出ていた。
このため国土交通省は、13年度補正予算案に追加財源を盛り込むことで新料金案を見直すことを検討。観光客など一般個人の利用が集中する大型連休まで現行制度を延長し、消費増税後も利用が落ち込まないよう配慮することにした。