CTFの出題ジャンルは、フォレンジックス、ネットワーク、バイナリ解析、暗号解読など。決勝戦では、コンテスト運営者が仮想サーバーを設置し、これを攻略する“サイバー攻防戦”を実施する。仮想サーバーを攻略してフラグを書き込むだけでなく、他のチームの侵入を防御した際にもポイントが与えられるルールとなっており、攻略・防御の両方のスキルが求められる。
SECCONは、それまで別々に行われていた学生および22歳以下を対象としたCTF大会と、社会人および23歳以上の学生を対象としたCTF大会を統合するかたちで、2012年度から開催している。参加者の所属・年齢を問わないため、学生と社会人が同じ場で競技するCTF大会となる。
2013年度の大会では、全国10会場で実施した予選に509チーム・計1319人が参加。これを勝ち抜いた20チームが決勝大会で競い、高専生のチームが優勝。2位には灘校と京都大の混成チーム、3位にも筑波大学が入り、学生チームが3位までを独占した。
SECCON実行委員会で実行委員長を務める竹迫良範氏によると、攻略・防御の得点分布で面白い傾向が見られたという。4位に入った社会人チームは、攻略ポイントでは20チーム中で最高得点を獲得したにもかかわらず、防御ポイントはわずかしか獲得できず下から2番目の成績。防御ポイントでも得点をかせいだ学生らの上位3チームに勝てなかったという。