これに対し小保方氏は「単純ミスで不正の目的も悪意もなかった」と反論。真正な画像が存在しており、捏造の必要はないと主張している。
一方、STAP細胞を作製した証拠となるDNAの解析画像を切り張りした点について、調査委は「当時の小保方氏には禁止行為との認識が十分になかった」としながらも、「データの誤った解釈へ誘導する危険性を認識しながらなされた」と悪意を認定し、改竄と判断した。
これに対し小保方氏は「見やすい画像を示したかっただけ」と説明。実験結果を効果的に見せるための加工で、不正ではないと主張するとみられる。
調査委は、科学的なデータの信頼性が損なわれることへの認識を「悪意」としているのに対し、小保方氏は単純ミスや、いわば“善意の加工”なので悪意はないとの立場だ。
調査委は「到底容認できない行為を重ねており、研究者倫理や科学に対する誠実さ、謙虚さの欠如」と指弾。小保方氏は「STAP細胞の発見自体が捏造と誤解されかねず、到底容認できない」としている。