しかし、陸軍のビルマ侵攻の最大の狙いは「援蒋ルート」(蒋介石中国国民党政府軍への補給ルート)の切断であった。そこで戦況が芳しくなくなるに従って、ビルマの完全独立は先延ばしにするようになり、徐々に鈴木大佐の考えと齟齬(そご)を来すようなった。結局、鈴木大佐は1942年6月に帰国命令が発せられるとともに、機関員も各所に転属となり、「南機関」は自然消滅した。
残されたビルマ独立軍は「ビルマ国防軍」に再編成され、その司令官としてアウン・サン大佐が任命された。
日本軍の敗色が濃厚となった大東亜戦争末期の45年3月27日、ビルマ国防軍は対日決起した。
アウン・サン将軍は、なぜ日本軍と袂(たもと)を分かつに至ったのであろうか。これはあくまでも独立を達成することを念願して起こした行動だったのである。最大の理由は武装解除の回避である。敗戦まで日本軍と命運を共にした場合には、ビルマ国軍も武装解除されるのは間違いなかった。
早晩予想されるイギリスとの独立交渉において、ビルマ軍の存在は力となり、独立達成に有利となる。せっかく日本軍によって創設されたビルマ軍が武装解除によって解体してしまったのでは、元の木阿弥(もくあみ)になってしまう。
そこでアウン・サン将軍としては、武装解除を避けるためには、涙をのんで日本軍と袂を分かつのは仕方がなかったのである。決して反日感情による行動ではなかった。現に将軍は、対日決起しても、既に撤収し始めた日本兵に銃を向けるなとの指示を与えている。