財務省は、この背景には両者の会計制度の違いがあるとみている。上水道事業は、民間企業並みの財務諸表を作成する「公営企業会計」が義務付けられ、将来必要な費用を見込んで使用料を決めている。下水道事業には義務付けられておらず、必要な費用を十分把握できていないという。
現在は下水道事業で公営企業会計を導入しているのは全体の2割強にとどまっているが、総務省が導入を促していることもあり、今後は増える見通しだ。日本下水道協会の担当者は「導入すれば、費用を賄うための使用料が設定できる」としており使用料が引き上げられる可能性がある。
一方、公営企業会計の導入には専門的な知識が必要で、小さな自治体には対応が難しく、支援が必要だとの指摘もある。