■建設中の３区間、人件費高騰
整備新幹線に関しては、地元自治体負担なども含む事業費として、２０１８年度当初比１３．９％増の３９６３億円を確保した。北陸、九州、北海道の３つの新幹線で進んでいる建設工事の費用などに充てる。新幹線の建設費は消費税増税や人件費高騰などで増加が見込まれ、予算に盛り込まれる事業費は上昇傾向にある。
建設中の３区間は、２３年春ごろ開業予定の北陸新幹線の金沢－敦賀間が３８８億円増の２６３８億円。２２年度に暫定開業を目指す九州新幹線長崎ルートの武雄温泉－長崎間は工事のピークを過ぎたため、７２億円減の７５８億円となった。また３１年春ごろ開業予定の北海道新幹線の新函館北斗－札幌間は１１７億円増の４８７億円となった。
約４０００億円の事業費のうち国負担分は９５５億円、自治体負担分はこの半額の４７８億円。残りはＪＲ各社が国側に支払う線路使用料（貸付料）で賄う。
これらの事業費とは別に、工事が始まっていない北陸新幹線の敦賀－新大阪間の建設に向けた環境影響評価、新大阪駅での北陸・九州両新幹線の乗り入れやリニア中央新幹線開業を見据えた地下ホーム新設の実現可能性の調査も行う。