市民向けの相談窓口を設けた自治体もある。富田林市は２１日から市役所本庁舎と金剛連絡所に相談窓口を開設。８月２０日までの平日午前９時～午後５時半、スタッフが対応する。豊中市は、外部委託によるコールセンターを設置。泉大津市は相談のための来訪者に整理券を配布し、松原市は市役所に臨時スペースを設けた。
オンライン申請しか受け付けられないと勘違いした市民もいて、マイナンバーカードなどに関する問い合わせのため市役所が混雑したという摂津市は、ホームページなどで郵送による申請書の発送日程を周知することで、混雑緩和につなげたとしている。
また、政令指定都市の大阪市は、オンライン申請の受け付け開始が１１日で、郵送用申請書の発送開始が２１日。同じく堺市は、オンライン申請こそ１日から受け付けたが、申請書発送は２６日からになった。大人口を抱える自治体は、処理が必要な事務も増えるようだ。
処理の遅れについて、四條畷市の東修平市長はブログで、各自治体の住民基本台帳のシステムとオンライン申請時に利用する「マイナポータル」のシステムがリンクしておらず、申請者による入力時にエラーがあっても指摘されないため不備が起きやすいことなど、さまざまな理由があることを説明している。