約１００ページある博士論文のうち、研究背景を説明する冒頭約２０ページの文章が米国立衛生研究所（ＮＩＨ）のホームページ上にある幹細胞の基礎知識の解説文とほぼ同じだった。該当部分に引用の記載はなかった。

　理研はＳＴＡＰ論文の調査の中間報告を１４日に公表するが、不正の有無についての核心部分は先送りされる見込みだ。

　論文では別の実験結果を示す胎盤の画像２枚が酷似することなどが指摘されてきたが、１０日になって、研究の根幹に関わる画像４枚が小保方氏の博士論文の画像に酷似することが新たに判明。理研はこれを「重大に受け止める」として、論文撤回の検討に入った。

　胎盤の画像について共著者は当初「小保方氏の単純ミス」とみていた。だが、博士論文と同じ画像が掲載されていた場合、単純ミスとは考えにくくなる。

　しかし、この重要問題は中間報告には間に合わず、今後の追加調査の対象になる見込み。論文は２月以降、外部からの指摘で疑問点が続出しており、対応が後手に回っている形だ。

　理研はこれまで、ＳＴＡＰ細胞を作製した研究成果そのものは「揺るぎない」としてきた。だが博士論文の画像の流用疑惑が明らかになると、「成果は事実とプロセス（過程）が大事。プロセスに疑念が指摘された」とトーンダウン。成果の信頼性も揺らぎつつあることを事実上、認めた。

　理研は２月１８日に調査委員会を設置。委員長ら理研側２人、弁護士を含む外部有識者３人の計５人で構成され、小保方氏らへの聞き取りや実験ノートの確認などを行っている。

　調査委はＳＴＡＰ細胞の再現性については評価せず、「科学者の世界での証明」に委ねる構えだ。小保方氏は一連の疑問点が指摘された後も、研究室で再現実験を続けているという。

　理研のガイドラインでは、不正の疑義が生じた研究者に対し、証拠保全のため出勤停止や研究室の一時閉鎖を行うことができる。こうした措置を取っていないことについて、理研は「再現実験の手順書作成や調査への対応のため。証拠隠滅の可能性もないと判断した」としている。

　一方、調査開始から約１カ月が経過しても核心が明らかにされない現状に、学界からは批判が強まっている。日本分子生物学会は「論文は多くの科学者の疑念を招いている」として、実験のすべての生データの即時開示を求める異例の声明を出した。

　同学会理事長の大隅典子東北大教授は「博士論文に酷似する画像はどう見ても使い回しにしか見えない。このままでは、生命科学全体が疑われかねない」と懸念を示した。