第三者委が問題視したのは、硬直した意思決定過程だ。一連の意思決定について「安倍（晋三）首相が白紙撤回した以外は、重要事項について、誰も独自の決定や決断をしてこなかった」と批判した。特に、ＪＳＣが設置した有識者会議は、大会組織委員会会長の森喜朗（よしろう）氏や日本サッカー協会などスポーツ界の重鎮がメンバーとなり、意思決定を遅らせる要因になったと総括。柏木委員長は「（会議自体が）利益団体だ」と酷評した。

　総工費については、最初に見積もった１３００億円を「上限」ととらえた関係者がいた一方、「超えても容認されると考えていた」とする関係者もいた。

　２０１３年夏には、ザハ・ハディド氏のデザインは各関係団体の要望をすべて満たした場合に３５３５億円に膨らむとの試算が出た。ハディド氏は総工費を９００億円程度と見積もっていたが、空調まで外した最低水準の設備でも１３５８億円かかることが判明。第三者委はこれを受け、１３年９月に東京大会招致が実現した後、「ゼロベースで見直しを行う一つのタイミングだった」と指摘した。