一方で、熊本県嘉島町にビールや飲料の製造拠点を持つサントリーホールディングスは「余震などが続いているため、製造設備の点検作業が十分にできない」として、操業停止が続いている。ソニーの半導体工場(熊本県菊陽町)、三菱電機の半導体工場(熊本県合志市)と液晶工場(熊本県菊池市)も、生産再開のめどは立っていない。
東京商工リサーチが19日時点で開示されている上場企業の被災状況を調査したところ、被災した107社のうち、約57.0%に相当する61社が「営業・操業を停止」していた。このほか、約9.3%に当たる10社が「再開の見通しが立たない」と、より深刻な状況。被害が「一部・軽微」としたのは32社(30.0%)にとどまっていた。