だが、JR九州内では開発の遅れへの懸念に加え、複雑な車輪構造に伴い維持・点検費が通常の新幹線の2.5~3倍に上るとされる点から経済性を問題視する意見が強まっている。
青柳俊彦社長は5月末の記者会見でコスト高に関し「効果的な対策が出ていないのは事実だ」と指摘。昨年12月の会見では、全線フル規格化も検討するよう国に働き掛ける考えを示した。
ただ、全線フル規格化には地元負担の大幅な増額が必要で、時間短縮効果が小さい佐賀県は早くも難色を示す。副島良彦副知事は13日、記者団に「負担できるものではない」と強調した。
一方、全線フル規格化への期待が強い長崎県では歓迎の声が上がる。長崎県議会の建設促進議員連盟会長を務める八江利春県議は「全線フル規格化に向けて、佐賀県の同意が得られるよう努力していきたい」と話した。