STAP問題の舞台となった発生・再生科学総合研究センター(神戸市)は11月に改組され、小保方氏の研究室は廃止。小保方氏は研究室を主宰する研究ユニットリーダーから理研本部の研究員に降格された。
STAP細胞は国内外の研究者が作製を試みたが、成功したとの報告はない。その正体は、別の万能細胞である胚性幹細胞(ES細胞)との疑いが強まっている。小保方氏はES細胞が混入した可能性を否定したが、理研の研究者による遺伝子解析では、STAP細胞とされた細胞はES細胞に酷似しているとの結果が出た。
科学への信頼が大きく揺らいだSTAP細胞問題。日本学術会議は7月の声明で「研究全体が虚構だったのではないかという疑念を禁じ得ない」と厳しく指摘したが、小保方氏はこうした疑いを実験で払拭することはできなかった。