現場では爆発音や煙が確認されているが、不審物には発火した形跡はなく、爆発によって生じる残留物も見つかっていない。便器は破損しておらず、床や壁にも焦げた痕はないことから、爆発はなく瞬間的な燃焼が起きた可能性もある。
事件は23日午前10時ごろ発生。神社側から「爆発音がした」などと110番通報があった。パイプやタイマーのほか、乾電池や電池パック、リード線などが散乱。けが人はなかった。
爆発前に紙袋のようなものを持った男が現場のトイレから立ち去る姿が防犯カメラに写っており、公安部は事件との関連を調べている。