杏奈は村の海辺で、入り江に面して建つ古い洋館を目にする。人が住まなくなってしばらくたっている様子だが、杏奈はそのたたずまいに心引かれる。やがて、杏奈は洋館を夢に見るようになる。夢の中で見た洋館には、金髪の少女がいた。
夏祭りの夜、杏奈は地元の中学生ともめ事を起こしてしまう。傷ついて洋館の見える海辺にたどり着いた杏奈の目の前に、夢で見た金髪の少女が現れる。少女の名はマーニー。華やかな雰囲気のマーニーは語りかける。「あたしたちのことは秘密よ。永久に」
原作では、登場人物たちの会話でストーリーが展開してゆく場面が多い。米林監督は「原作の文章的な面白さをどう映像で表現するか、とても悩みました。ただ、部屋のたたずまいや風景、時間の流れなど、絵にすることで表現できることもあるので、そこを魅力的にすれば面白い作品になるという確証がありました」と振り返る。