菅氏は政権の危機管理を担い、与野党幹部や各省庁に広く情報網を持つことで知られる。首相への諫言(かんげん)もいとわずまさに「内閣の要」だった。環太平洋戦略的経済連携協定(TPP)交渉や、米軍普天間飛行場(沖縄県宜野湾=ぎのわん=市)移設などでも辣腕(らつわん)を振るい、首相は「菅氏なしでは今後の難局は乗り切れない」と判断したようだ。
また、加藤勝信官房副長官は5月末に発足させた内閣人事局の局長も兼務している。世耕弘成副長官とともに、首相は「官僚機構をコントロールするには留任させるしかない」と考えたとされる。
秋は沖縄、福島両県知事選、来春には統一地方選を控える。北朝鮮による拉致被害者らの再調査をめぐる日朝交渉も本格化する。懸案が山積する中、首相の特命事案を水面下で処理するには首相補佐官らの交代も好ましくないという結論に達した。