柱が１本もない５０×６０メートルの広々とした計算機室に、高さ約２・４メートルのラック（筐体（きょうたい））８６４台が整然と並ぶ。ラックには中枢部品のＣＰＵ（中央演算処理装置）を４個ずつ搭載したボード計２４枚が、ぎっしり詰め込まれている。この「京」を企業が活用できる産業利用枠は全体の５％。無償だが成果の公開義務がある「無償利用」と「有償利用」があり、有償の場合、割り当てはＣＰＵの利用数（ノード）×時間で計算し、企業は１ノード時間当たり１２・６８円を支払う仕組みだ。

　産業利用に採択された２５件には、武田薬品工業や第一三共など製薬大手の研究テーマが入っている。京によるシミュレーション（模擬実験）は、新薬候補となる化合物の絞り込み期間が大幅に短縮でき、巨額の投資と長期間を必要とする医薬品の開発を大幅に効率化できるからだ。

　中でも、大日本住友製薬は来年３月までに、５０３万８０８０ノード時間と最も多い利用枠の割り当てを受ける。すべて使うと、利用料は総額約６４００万円。京の８万８１２８個のＣＰＵをフル稼働した場合、約５７時間使える計算になり、活用は順調だ。

　利用目的は新薬候補となる化合物の絞り込みなど。病気にかかわる生体内のタンパク質と反応させて薬効や副作用をじっくり確認しなければならないが、同社のスパコンでは、１日で１種類の化合物の解析が限界だった。処理能力の高い京を使うことで、１日に１００種類以上の化合物の解析が可能になり、同社の多田正世社長は「化合物の絞り込み期間を従来の３～３年半から２割程度短縮し、２～２年半程度にできるのではないか」と試算する。

　さらに、京とともに兵庫県佐用町の播磨科学公園都市にある大型放射光施設「スプリング８」や「ＳＡＣＬＡ」を所有する理化学研究所は、ＳＡＣＬＡと京をインターネット回線でつなぎ、ＳＡＣＬＡのデータを京で解析する実験を近くスタートする。

　タンパク質の一瞬の動きや変化について、原子レベルでとらえるＳＡＣＬＡが撮影した大容量の瞬間画像を３Ｄ（立体）化したり、瞬間画像をもとにタンパク質の動きをシミュレーションしたりするには高速処理できるスパコンが便利だ。例えば従来のスパコンではＳＡＣＬＡの画像処理に約２時間かかっていたが、京なら約２０分で処理できる。スプリング８との連携も視野に入っており、化合物がタンパク質にどう作用するかを克明に解き明かすことができれば、日本発の新薬が関西から相次ぎ生まれる可能性が広がる。