旧ソ連軍は８９年に完全撤退し、９２年に親ソ・ナジブラ共産政権が崩壊すると、アフガンは泥沼の内戦の道を進んでいく。このとき、マンスール師はいったん武器を置き、９４年にイスラム神学生集団のタリバンが登場すると、９６年にタリバン政権の航空観光相となった。

　タリバンは国際テロ組織アルカーイダの最高指導者、ウサマ・ビンラーディン（２０１１年に米軍の軍事作戦により、パキスタンで死亡）をかくまったため、国際社会の制裁を受け、孤立を深めていった。偶像崇拝がイスラムの教えに反するとして、中部バーミヤンの巨大石仏を爆破し、非難を浴びたこともある。

　オマル師の死を２年隠蔽

　０１年に米中枢同時テロが起きると、米ブッシュ政権はタリバンに首謀者のビンラーディンの引き渡しを求めたが、タリバンは拒否し、この年の１０月、米軍のアフガン攻撃が始まった。マンスール師は、再び聖戦に参加したといい、政権は崩壊したものの、１０年にタリバンの副指導者となった。