関西広域連合の試算によると、建設費は小浜ルートが9500億円、湖西ルートは7700億円、米原ルートでは5100億円。新大阪までの所要時間は小浜ルートが33分、湖西ルートで35分、米原ルートでは45分となっている。
小浜ルートは所要時間こそ短いものの、建設距離が123キロ(湖西ルートは81キロ、米原ルートは44キロ)3案で最も長いうえ、費用も高くつく。JR西の独自案も小浜ルート同様、建設距離が長いため建設費がかさみそうなのが難点だ。
一方、湖西ルートは比叡山から吹き下ろす「比叡おろし」の強風による運休が想定されるうえ、沿線自治体には新幹線の開業に伴って並行して走るJR湖西線が経営分離されると、引き継いだ自治体の財政負担が増すとの懸念もくすぶる。
また、湖西、米原の両ルートは路線の一部共用を見込む東海道新幹線のダイヤが超過密で、北陸新幹線が入り込む余地はないのが現状だ。運行もJR東海と西日本で分かれ、調整は容易でないという事情もある。