佐賀県内の自治体が、フル規格化による財政負担の増加と、在来線廃止を心配したことが背景にある。対して長崎県は、フル規格化を要望してきた。ＦＧＴでは、時短効果が薄いからだ。
博多～長崎間は現行の特急で１時間５０分程度。ＦＧＴの場合、１時間２０分程度と、３０分ほどの短縮にしかならない。
加えて、ＦＧＴは車両の機構が複雑となり、最高速度は２７０キロでしかない。このため、ＪＲ西日本が、博多駅以東の山陽新幹線へのＦＧＴ乗り入れに難色を示す。せっかく開業しても、関西方面に向かうには博多駅で乗り換えが必要となる可能性があるのだ。
鹿児島ルートの開業では、相互乗り入れ新幹線を使い、関西から多くの観光客が南九州に来た。これに対し、長崎ルートは新幹線効果が十分に発揮できない可能性がある。
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