杏奈は村の海辺で古い洋館を目にする。人が住まなくなってしばらくたっている様子だが、そのたたずまいに心引かれる。やがて夢の中で洋館を見るようになり、その洋館には金髪の少女がいた。夏祭りの夜、地元の中学生とのもめ事で傷つき、洋館の見える海辺にたどり着いた杏奈の目の前に、夢で見た金髪の少女が現れる。少女の名はマーニー。華やかな雰囲気のマーニーは語りかける。「あたしたちのことは秘密よ。永久に」
原作では、登場人物たちの会話でストーリーが展開してゆく場面が多い。米林監督は「原作の文章的な面白さをどう映像で表現するか、とても悩みました。ただ、部屋のたたずまいや風景、時間の流れなど、絵にすることで表現できることもあるので、そこを魅力的にすれば面白い作品になるという確証がありました」と振り返る。