小保方氏の不正行為は重大で「極めて厳しい処分」を要求。笹井氏の責任も重大として相応の厳しい処分が行われるべきだとした。
再発防止策として研究不正を防止する理事長直轄の新組織や、外部有識者だけで構成する監視委員会の設置などを提言。細胞の再現実験に小保方氏を参加させることや、不正認定されていない補足的な論文の調査も求めた。野依良治(のより・りょうじ)理事長を本部長とする改革推進本部が具体策をまとめる。
一方、理研は研究センターがまとめた自己点検の検証結果も公表した。小保方氏によるデータ管理の不備を指摘し、笹井氏と当時理研にいた若山照彦山梨大教授にデータ確認の認識の甘さや指導力不足があり、論文の不備を未然に防ぐことを怠ったと分析した。
さらに科学的、社会的なインパクトの大きさから研究が秘密扱いで進められ、第三者の客観的な批判を受ける機会を失うなどセンターのリスク管理が欠如していたことも要因に挙げた。(SANKEI EXPRESS)