万能性遺伝子の働きが確認できなければ、その先の実験に進めない。検証は序盤から難航し、細胞の存在は不透明さを増している。STAP細胞は作製過程で細胞が集まり、くっついて塊になるとされた。しかしこの接着現象も、全実験の半分以下でしか観察できなかったという。
論文では、今回の検証で使用したマウス系統だけでなく、別系統を掛け合わせたマウスも使っていた。検証では準備の容易な系統から実験を進めたが、理研は「遺伝的な違いが結果に影響した可能性もある」としており、今後は掛け合わせたマウスでも作製を試すという。細胞の存在については、現時点では分からないとしている。
今後の実験で万能性遺伝子による発光が仮に確認されても、それだけでSTAP細胞が存在するとはいえない。万能性を証明するには、この細胞を別のマウスの胚(受精卵)に移植し、生まれてきた胎児の全身組織に分化していることも確認する必要がある。論文より厳密な手法での実験も並行して実施する。