センターは外部有識者からなる改革委員会が6月に発表した提言で「研究不正を誘発する構造的な欠陥」を指摘され、早急な解体と竹市雅俊センター長ら幹部の刷新を求められていた。
改革計画では、センターは固定化した運営体制が長期間続き、構造疲労を起こしたと分析。発生・再生科学の国際研究拠点として存続させるが、運営主体の幹部研究者(グループディレクター)会議を9月中に廃止。外部有識者を交えた運営会議を新設する。
11月中に「多細胞システム形成研究センター」(仮称)に名称を変更。雇用は確保するが、研究プログラムの廃止や他のセンターへの移管などで研究室を現状の約40から半減する。