事務局には抗議の電話が頻繁にかかる。関係者はコストの検証が甘かったことが混乱を招いたと認め「(抗議電話で)首相の判断まで仰がなければいけなくなったのは誰のせいだ、と厳しい指摘もあった。道義的にまた同じプロジェクトに加わることは許されないと思っている」と責任の重さを口にした。
文科省の幹部は、計画見直しをめぐる一連の混乱や2019年ラグビー・ワールドカップ日本大会の会場変更により、国際的な信用を失いかねないとして「JSCと、所管する文科省の責任は免れない」とつぶやいた。
東京都の負担をめぐり、文科省を批判してきた舛添(ますぞえ)要一知事は「政府は6月29日に総工費2520億円、完成時期も決定した。これを決める前に(見直しを)できなかったのか」などと強い口調で批判。ただ、首相の白紙撤回表明後には「国からよく説明を聞いた上で、対応を検討していく」などと淡々としたコメントを発表した。