食品については、日本でまだ認められていない食品添加物の使用や、使用を認める対象食品の拡大などが挙げられている。
日本は「国民の安全にかかわる規制は原則として変えられない」（通商筋）との立場で、最小限の規制緩和でＥＵ側の理解を得たい考えだが、調整は難航が予想される。
日本はこれまでの交渉で、ＥＵが日本製の乗用車にかける関税（１０％）や家電の関税（１４％）など工業製品の関税撤廃を求めてきたが、ＥＵ側は慎重姿勢を崩していない。
これに対し、ＥＵは日本のＥＵ産ワインに対する関税（輸入価格の１５％か、１リットル当たり１２５円）やチーズ、肉類など農産品の関税撤廃を主張。日本はワインの関税に関しては段階的に撤廃する譲歩案を提示したが、即時撤廃にこだわるＥＵとの溝は埋まっていない。
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