佐川氏は、今回の証人喚問に当たり、自身や補佐人弁護士と官邸や与党関係者との接触を否定した。
財務省が「いつ」「誰の指示で」「なぜ」文書を改竄したかという核心部分はゼロ回答だった。佐川氏は自身の関与を含む改竄の経緯に関し「告発されて捜査の対象になっている。刑事訴追の恐れがあるので差し控えたい」と繰り返した。
佐川氏は昨年２月の交渉記録を廃棄したとする答弁と決裁文書の矛盾を指摘され「財務省の文書管理規則について申し上げた。毎日ご質問をいただき、全く余裕がなかった」と説明した。個別の資料確認をしなかったか問われ「私の落ち度だ。怠ったということだ」と話した。
公明党の竹内譲衆院議員は「決裁文書をみて、自分の答弁との違いに驚いて、部下に怒りを激しくぶつけたのではないか」との経緯に関する推測を投げかけたが、佐川氏は「答弁は差し控える」と答えた。
共産党の小池晃書記局長は、昨年２～３月の佐川氏の答弁の根拠を「改竄前の文書ではないか」と尋ねた。佐川氏は「いつ書き換えられたのかという問題と結びつく」として答えなかった。決裁文書を見たかどうかも答弁を拒否した。