再発防止策として研究不正を防止する理事長直轄の新組織や、外部有識者だけで構成する監視委員会の設置などを提言。細胞の再現実験に小保方氏を参加させることや、不正認定されていない補足的な論文の調査も求めた。野依良治（のより・りょうじ）理事長を本部長とする改革推進本部が具体策をまとめる。

　一方、理研は研究センターがまとめた自己点検の検証結果も公表した。小保方氏によるデータ管理の不備を指摘し、笹井氏と当時理研にいた若山照彦山梨大教授にデータ確認の認識の甘さや指導力不足があり、論文の不備を未然に防ぐことを怠ったと分析した。

　さらに科学的、社会的なインパクトの大きさから研究が秘密扱いで進められ、第三者の客観的な批判を受ける機会を失うなどセンターのリスク管理が欠如していたことも要因に挙げた。（ＳＡＮＫＥＩ　ＥＸＰＲＥＳＳ）