調査委の最終報告によると、不正と認定されたのは（１）小保方氏の３年前の早稲田大の博士論文の関連画像から流用された画像４枚（２）一部が切り張りされたＤＮＡの解析画像－の２項目。

　博士論文の関連画像はＳＴＡＰ細胞の万能性を示す重要な証拠だった。小保方氏は「画像を取り違えた」と説明していたが、調査委は「違いを認識していなかったとは考えがたい」と指摘。「データの信頼性を根本から壊すものであり、捏造に当たる」と認定した。

　また、ＤＮＡ解析画像の切り張り加工について小保方氏は「禁止されていることを知らなかった」と説明したが、調査委は「きれいに見せたいという目的性をもって行われた加工」と指摘し、科学的な考察と手順を踏んでいないとして、不正な改竄と判断した。

　一方、共著者の笹井芳樹理研発生・再生科学総合研究センター副センター長と当時理研に在籍していた若山照彦山梨大教授については、不正行為はなかったとしながらも、データの正当性と正確性を自ら確認しなかったとして責任は重大とした。同じく共著者で理研の丹羽仁史氏に不正は認められないとした。

　小保方らは１月末、ＳＴＡＰ細胞の論文を英科学誌ネイチャーに発表。革新的な万能細胞として世界的に注目されたが、実験の根幹に関わる部分で不正が明らかになり、論文の信頼性は失われた。

　またＳＴＡＰ細胞が本当に存在するかどうかも疑念が一段と深まった。理研は内部で検証作業を続ける一方で、最終判断は第三者の検証に委ねる構えだ。小保方氏らは既に論文撤回を検討する意向を示している。

　調査委は３月１４日の中間報告で６つの調査項目を公表。このうち２項目は不正ではないとし、残る４項目について不正の有無を継続調査していた。