報告書は、現在は排気量に応じて毎年支払う自動車税の課税方式を燃費に応じて納める方式に変更するよう提言。低価格車の税額を抑えるため、算定の際に非課税となる基礎控除を設けることが望ましいとした。

　取得税が廃止されれば、燃費の良い車に適用されるエコカー減税がなくなる。環境への影響を配慮して、購入初年度の自動車税や軽自動車税に限り、燃費の悪い車は増税する一方、低燃費車は減税する制度も求めた。会見した神野直彦座長（東大名誉教授）は「環境と税収確保を両立させられる案を出した」と述べた。