これらの大学の多くは「大学が判断すること」との立場。和歌山大は「(大学は)学問の府として主体性を持つべき機関」と主張する。奈良女子大や奈良教育大は「卒業式では『蛍の光』が歌い継がれている」とし、国歌以外の歌を歌うことを理由に挙げた。
教職員の間には文科相の要請への反発も大きい。京都大の若手教員は「学問では権威に盲従しないことが重要。要請は的外れだ」と憤る。別の教授も「五輪で君が代が流れるとうれしく思う」としつつ、「愛国心は強制されるものではない。強制は反発を生み、素直に喜ぶことができなくなった」と話した。
教育問題に詳しい八木秀次麗澤大教授は「海外の大学では国歌斉唱は当たり前。大学の自治を主張する声もあるが、国立大には国家の将来を担う人材を育てる役割があり、私立大とは違う。国民の税金が投入されながら国の言うことを聞かないのか。式典で国歌斉唱を行うのは当然だ」と話している。