しかし、30日午前6時すぎから、火山性微動の振れ幅が大きくなり、気象庁によると、噴火当日の27日夜と同程度になった。このため、活動を一時中断。長野県災害対策本部では1時間おきに県、警察、消防、自衛隊などの職員が検討し再開のタイミングを計った。現場の自衛隊からはヘリで少数の部隊に絞って現場に投入したいとの提案も出されたというが、危険な状況は変わらず、全ての活動が中止された。
この日は、28、29日にも活動中断を余儀なくされた原因である有毒な硫化水素に対応するため、防毒マスクや高性能検知器の新装備も準備されていた。捜索を行うことができれば、数時間に限られていた活動を延ばすこともできたという。
だが、山頂付近は硫化水素濃度が上昇し、再噴火の恐れも。緊急消防援助隊愛知県大隊の渡辺勝己大隊長(51)は「1人でも多く連れ戻したいが、自分の身を守れない環境では救出活動はできない」と話した。すでに心肺停止状態の16人をすぐにヘリに収容できる地点まで運び終えているほか、新たに5人の位置も確認していた。