内閣府別館は、首相官邸に隣接する地上9階、地下2階のビル。昭和46年に建設された民間ビルを、政府が平成17年、「官邸に非常に近い」ことを理由に民間会社から買い取った。
買い取り時に耐震強化のための改修が施されたものの3類のままだという。内閣府別館と同じ3類は、税務署や法務局、公共職業安定所などに適用されている。
一方、大災害時には政府中枢としての役割が求められる首相官邸や内閣府合同庁舎などは、震度7になっても機能を十分に維持できる1類に入る。2類は機動隊や地方気象台、海上保安部などが該当する。
政府は内調事務局を8月をめどに内閣府合同庁舎に移す方針を決めているが、NSC事務局については移転の予定がないという。