理研の規定によると、「悪意のない間違い」は不正に含まないとされており、小保方氏はこれを根拠に、不正ではないとの主張を申立書で展開した。

　調査委は、ＳＴＡＰ細胞がさまざまな細胞に分化する万能性を持つことを示す重要な画像が、小保方氏の博士論文に関連する別の実験画像から流用された点について「条件が違う画像を使うこと自体、単純な間違いとは理解しがたい」と悪意を認定、捏造（ねつぞう）と断じた。

　これに対し小保方氏は「勘違いによる悪意のない取り違えにすぎない」と反論。さらに「捏造は存在しないデータや研究結果を作り上げ、記録または報告すること。掲載すべき画像が存在しているため該当しない」と主張している。

　また、ＳＴＡＰ細胞を作製した証拠となるＤＮＡの解析画像を切り張りした点について、調査委は「当時の小保方氏は（論文投稿規定で）禁止された行為という認識が十分になかった」としながらも、「データの誤った解釈へ誘導する危険性を認識してなされた」と悪意があったことを認め、改竄（かいざん）と判断した。

　これに対し、小保方氏は「投稿規定を知らず、見やすいように画像を加工してしまった単純ミス」と悪意を否定。改竄についても「良好な結果を示すデータが存在しており、（不都合な）データを偽装していないため改竄に当たらない」と反論した。

　研究不正における悪意の解釈が争点になりそうだが、調査委は最終報告の会見で「悪意を故意と置き換えて不正と認定した」と説明。ある研究者は「世間一般でいう『だます』といった悪意ではなく、不正と疑われる余地があると認識していたかどうかだ」と指摘する。

　愛知淑徳大の山崎茂明教授（研究発表倫理）は「科学の不正を監視する米研究公正局は、誠実な誤りでないものを不正と定義しており、悪意の有無は問題にしていない。悪意がない間違いだから不正ではないという小保方氏の主張は、国際的には全く通用しない」と話している。