原子力・エネルギー分野では、高速増殖原型炉もんじゅの廃炉決定に伴う対策費や、福島第1原発事故の処理費用拡大を受けた東京電力ホールディングスへの支援などを盛り込んだ。
もんじゅの維持管理などの予算は、2016年度当初比で3.2%減の計179億円。このうち、使用済み核燃料を取り出す際に必要となる模擬燃料の製造費などに9億円を計上した。
地域振興策としてもんじゅ敷地内に新設する試験研究炉の予備調査費は1100万円。後継の高速炉開発でフランスと共同研究を進める実証炉の協力に52億円を充てた。
一方、東電関連では、賠償などの資金繰り用に無利子貸付枠を9兆円から13兆5000億円に拡大し、金利負担に備えて400億円を計上。また、原発事故で立ち入り制限された「帰還困難区域」の一部に設ける「特定復興拠点」の除染費用を309億円とした。
このほか、温室効果ガス削減に向け、住宅やビル、工場などでの省エネルギー設備の導入補助に673億円、電気自動車(EV)など次世代自動車の導入支援に123億円を計上した。