また、国土が1万7000の島からなる地理特性も生かし、海洋観光分野の振興にも取り組む。
特にヨットなど船舶を利用するクルーズ観光は、13年の旅行者数が40万人と01年比で5倍と急増しており、今後は16年までに60万人を目指して港湾などの環境整備を進めていく。
このほか、周辺海域の580万平方キロメートルを世界のダイバーなどに人気が高い海洋生物「オニイトマキエイ(マンタ)」の保護区に設定するなど、新たな取り組みも開始した。
中国などで漢方薬の原料としてマンタの需要が高いこともあり、マンタを観光資源として注目するインドネシア政府は、漢方薬目的などの捕獲防止に向けて世界最大規模となる保護区の設定に踏み切った。
世界経済フォーラムが昨年発表した旅行・観光の競争力に関する世界ランキングによると、インドネシアは140カ国・地域中70位。観光資源の豊かさや宿泊施設の充実度では評価が高いが、空港や港湾など観光インフラの未発達などが低評価を受けている。