原子力規制委員会が勧告を決めたことを受けて、日本原子力研究開発機構の敦賀事業本部業務統括部の塚本裕一広報課長は「勧告は文科相に対するもので、現時点でのコメントは差し控える」とした上で、「(もんじゅの)プロジェクト全体の見直しを含めた大きな話になっているが、われわれとしては、目の前のプラントの保守管理をきちんとやっていくほかない」と強調した。
福井県内で機構に勤務している男性職員は「これまでの日本の核燃料サイクルに対する取り組みが、場合によっては否定されかねない」と話した。
一方で、もんじゅを所管する文科省研究開発局の高谷浩樹研究開発戦略官は「勧告が出るという状態に至ったことは、重く受け止めている。具体的には正式に勧告が出てから内容を精査して対応していくことになるが、あらゆる選択肢を排除せずに検討していきたい」としている。