「由来記」によれば、教会はルイス・デ・アルメイダ神父により1569(永禄12)年2月23日に建てられ、ここを中心に天草にキリスト教が栄えた。その後、1638(寛永15)年に禁教令が施行されると、崎津ではとくに激しい迫害の嵐が吹きあれる。教徒たちは隠れキリシタンとなって、真夜中にひっそり集まっては神を礼拝し、祈り続けたらしい。1872(明治5)年にキリシタン禁制の高札が廃止され、240年ぶりに崎津に着任した新しい神父は、人々から熱烈な歓迎をうけた。教会は明治以来3度建て直され、現在のゴシック風建築はフランス人のハルブ神父が1934(昭和9)年に改築したものである。内部が畳敷きというのも、教会では珍しい。崎津に住むキリシタンたちの祈りの家として、いまも毎日のように人が集まってくる。